Una vez realizado el exhaustivo trabajo de investigación y diagnóstico previo, tanto estadístico como estratégico, se comienza con los trabajos de planificación estratégica. Dicha planificación comienza con la determinación de la meta final del plan, seguida por los objetivos estratégicos, los cuales son necesario cumplir, para poder alcanzar dicha meta. El siguiente paso será la determinación de las líneas estratégicas, las cuales determinan las directrices a seguir en el plan. De estas líneas estratégicas nacen las diferentes actuaciones a implementar durante los Planes de Acción anuales.

El proceso de planificación es una secuencia piramidal «de arriba a abajo». Sin embargo, a la hora de ejecutar el plan, el sentido operativo es «de abajo a arriba», aplicando acciones basadas en las líneas estratégicas, las cuales permiten alcanzar los objetivos estratégicos y por lo tanto, la meta final del plan.

A continuación se muestra una gráfica resumen del proceso estratégico del PEMTH2020, en el cual se identifica una meta, 5 objetivos estratégicos, 5 grandes líneas estratégicas y 50 líneas de actuación a implementar durante los Planes de Acción 2017-2020.